پایان نامه و تحلیل داده

دانلود پایان نامه

این تکنیک بسیار ساده بوده و استفاده از آن آسان است.
آزمایش مبتنی بر PCR است. برای مشاهدهی نتایج کافی است که فقط محصولات تکثیر را توسط الکتروفورز تکثیر نمود. بدین ترتیب زمان مورد نیاز برای دستیابی به نتایجی قابل قیاس با روشهای مبتنی بر هیبریداسیون، به طور قابل ملاحظهای کاهش مییابد.
میتوان از به کارگیری رادیوایزوتوپها اجتناب ورزید زیرا که اندازهی چند شکلی بین آللها برای مشاهده در ژلهای آگارز به قدر کافی بزرگ است.
ریزماهوارهها به صورت نشانگرهای همبارز تفرق مییابند.
چند شکلی ایجاد شده قابل اعتماد است.
معایب SSR نیز به شرح زیر میباشد:
نشانگرهای SSR دارای محدودیتهایی هستند که بر کاربرد عمومی آنها به عنوان نشانگرهای مولکولی مؤثر است. از جمله این محدودیتها میتوان به صرف وقت و هزینهی زیاد در طراحی و ساخت آغازگرها، چند شکلی بیشتر از حد واقعی، دانش اندک در مورد نحوهی جهش و روشهای برآورد و تجزیه و تحلیل دادهها اشاره نمود. علاوه بر آن، نمیتوان نقشهای حاصل از آن را به یک جایگاه ژن نسبت داد. همچنین عیب دیگر آن این است که به بررسی تنوع بین افراد در قسمتی از ژنوم میپردازد که به احتمال زیاد فاقد ژن است [82].
RFLP-PCR
آنالیز RFLP پرزحمت و وقتگیر است همچنین تکنیک RFLP نیاز به مقدار زیادی DNA دارد. به همین دلیل در تکنیک RFLP تغییراتی داده شده است تا امکان استفاده به راحتی برای تعداد زیادی نمونه انجام شود. در گذشته از تکنیک وقتگیر لکه گذاری سادرن استفاده میکردند. ولی امروزه محققین از روش PCR-RFLPجهت آشکارسازی استفاده میکنند. این روش نیاز به مقدار بسیار کمتری DNA دارد و قابل کاربرد برای آنالیزهای سریع میباشد و با استفاده از آنها میتوان برای تعداد زیادی نمونه تعیین ژنوتیپ کرد. این روش بطور وسیعی برای آشکارسازی سریع و مطمئن تنوع موجود در توالی DNA استفاده میشود. همچنین این روش موجب افزایش نمایان سازی پلیمورفیسم موجود بین نمونههای مختلف میگردد. نشانگرهای ایجاد شده به وسیله PCR-RFLP را CAPS مینامند و اثبات شده است که جهت نقشهیابی مکانهای ژنی جهش یافته و ژنوتیپیابی SNP که کم هزینه و قابل کاربرد با تعداد متوسط نمونه میباشد. وجود این تنوع به تولید جایگاههای برشی منجر میشود که تفاوت یک جفت آلل را در فرآیند سه مرحلهای زیر آشکار میسازد: در مرحله اول تکثیر توالی DNA مورد نظر از طریق PCR. در مرحله دوم هضم با استفاده از آنزیمهای برشی و سپس در مرحله سوم آنالیز قطعات حاصله به وسیله الکتروفورز.
RFLP Based PCR با اتصال ناقص
در روش CAPS یک محدودیت وجود دارد و آن این است که فقط جهشهای ایجاد کننده یا حذف کننده جایگاه شناسایی آنزیم برشی را میتوان تشخیص داد. همه تغییراتی که در تک نوکلئوتیدها ایجاد میشود، منجر به ایجاد جایگاه برشی نمیشوند. به همین منظور برای آشکارسازی این تغییرات، روشی شبیه به CAPS به نام dCAPS ابداع شده است که در آن واکنش PCR را با آغازگرهایی انجام میدهند که یک یا چند نوکلئوتید برای ایجاد اتصال ناقص در آنها وجود دارد. در این روش آللهایی را که به واسطه تغییرات تک نوکلئوتیدی باهم تفاوت دارند، میتوان از یکدیگر تشخیص داد. گیاهان هتروزیگوت را میتوان با استفاده از این روش به دلیل همبارز بودن نشانگر به سرعت شناسایی نمود [82].
فصل سوم
مواد، تجهیزات و روش تحقیق
مواد مورد استفاده مورد استفاده در این پایان نامه در جدول شماره3-1 آورده شده است.
جدول ‏31 مواد مورد استفاده در پایاننامه
مواد مصرفی
شرکت سازنده
مواد مصرفی
شرکت سازنده
اگزالیک اسید
Merck
گلیسرول
Merck
آمونیوم اگزالات